Ayutthaya fut sous la coupe de la Birmanie durant une période de quinze années avec le roi Maha Thammaracha gouvernant le pays sous la surveillance des fonctionnaires Birmans.

Maha Ohammaraja, principal suppléant du roi vaincu, fut chargé par Bayinnaung de gouverner le Siam désormais vassalisé. Son fils ainé, Narésuan, fut emmené comme otage en Birmanie et élevé comme un prince birman par le roi Bayinnaung. Narésuan rentra au Siam à l'âge de quinze ans et, avec son jeune frère Ekatotsarot, commença immédiatement à rassembler des combattants.
Pendant ses jeunes années, Narésuan avait pu observer l'armée birmane et étudier sa stratégie. Il entraîna ses troupes à la guérilla; leur tactique d'attaque rapide suivie de repli leur valut le surnom de «Tigres sauvages»i et de «Chats aux aguets».
Des révoltes dans les états Shans et à Ava retenaient le jeune souverain Nandabayin dans son royaume et Narésuan en profita en 1584 pour déclarer Ayutthaya libérée du joug birman.
Cette déclaration d'indépendance du Siam fut faite dans la ville de Kraeng en mai 1584, alors qu'il était supposé commander un contingent Thaïlandais en route pour aider à stopper la rebellion.
Pendant les neuf années qui suivirent, les Birmans tentèrent plusieurs fois de soumettre à nouveau le Siam, mais Narésuan avait pris toutes les mesures défensives nécessaires et repoussa les invasions. An 1593, à l'occasion de l'une d'elles, il tua, à Nong Sa Rai près de Suphan Buri, le prince héritier birman, en combat singulier à dos d'éléphant. A la mort de son père, en 1590, Narésuan assuma toute la royauté et reconsolida le Siam.
Dans son conflit avec la Birmanie, il retourna la situation en sa faveur et imposa en 1594 sa suzeraineté au roi du Cambodge et à certains princes shans. Il tenta à deux reprises, mais en vain, de conquérir la Birmanie.
Sous Narésuan le grand, Ayutthaya connut une période de prospérité dont témoignent les descriptions faites par les Européens qui visitèrent la métropole au XVII° siècle. En effet, durant le règne de Naresuan le Grand, les Espagnols, après les Portugais, commencèrent des échanges commerciaux avec Ayutthaya.
Après avoir réglé les problèmes aux Philippines en désignant Manille comme leur capitale en 1571, ils se répendirent dans les pays voisins.
En 1598, Don Tello de Aguirre quittait Manille pour une mission diplomatique à Ayutthaya. Cette ambassade devait mener à la signature d'un traité d'amitié et commerce avec le Siam. C'était le deuxième traité que le Siam signait avec un pays européen. Les termes du traité étaient similaires à ceux du traité d'avec le Portugal en 1516.